La rete è strutturata ad albero, dove ogni "nodo" (cioè una BBS) comunica con il nodo di livello superiore, e così via fino ad arrivare a colui che è il "coordinatore nazionale" (in Italia è Giorgio Rutigliano, il fondatore della rete Fidonet in Italia) il quale a sua volta è in connessione con le altre nazioni, fino a formare una rete mondiale.I vari "livelli" sono così denominati (in ordine decrescente di importanza):

- FidoNet
Indica l'intera rete pubblica amatoriale, amministrata dalla International FidoNet Administration (IFNA).

- Zona
Una Zona è una vasta area geografica contenente molte Regioni, che copre una o più nazioni in uno o più continenti. Al momento la definizione di Zona corrisponde a quella utilizzata nel campo delle telecomunicazioni (Zona 1: America, Zona 2: Europa ed Africa, Zona 3: Asia ed Oceania).

- Regione
Una Regione è un'area geografica ben definita contenente nodi che possono o meno essere raggruppati in Net. Una Regione generalmente avrà molti nodi raggruppati in Net. L'Italia è la regione 33.

- Net (rete)
Un Net è un raggruppamento di nodi, che operano normalmente in un'area geografica relativamente ristretta. I Net coordinano l'attività di scambio di dati in modo da ridurre al minimo i costi e portare al massimo l'efficienza. Il sistema del Coordinatore di Net si chiama Host.

- Hub (centro)
Un Hub è una sottoentità del Net che collabora alla gestione di esso alleggerendo il lavoro di scambio dati. È una "sub-rete" che collabora strettamente con l'Host.

- Nodi
Un Nodo è la più piccola entità indirizzabile dalla rete.

- Points
Un Point è un nodo di una rete privata accessibile attraverso un nodo FidoNet.

Una BBS può ovviamente essere un Nodo, un Hub o un Host, ed è indirizzata univocamente mediante il numero di zona, dal numero Net (nel quale è codificato il numero di regione) ed il numero di nodo. Ad esempio FidoRoma è 2:335/3, cioè Zona 2, Net 335 (indicante quinto net della zona 33), Nodo 3. Attualmente in Italia ci sono 5 Net (quindi 5 Host), e 22 Hub.

Per il traffico di messaggi in Italia i messaggi generalmente passano, escludendo i Point, al massimo per 5 BBS prima di raggiungere il destinatario (il nodo mittente che passa il messaggio al suo Hub, l'Hub che li manda all'Host, dall'Host all'Hub al quale appartiene il nodo destinatario, ed infine il nodo destinatario), il tutto in linea teorica avviene in una notte.

Veniamo adesso alle principali funzioni di FidoNet. In ogni BBS esistono delle aree di messaggistica pubblica, dette più semplicemente "conferenze",le quali possono essere "locali" od "echo".Una conferenza "locale" è, come il termine stesso lascia intendere, limitata alla BBS nella quale risiede, ed il concetto è semplice: voi scrivete un messaggio e questo rimarrà sul sistema nel quale lo avete scritto, e potrà quindi essere letto solamente dagli altri utenti dello stesso sistema. È evidente che un'area locale ha conseguentemente un (relativamente) basso livello di traffico di messaggi.Una conferenza "echo" viceversa è un'area condivisa da più sistemi, ossia quando scrivete un messaggio, questo verrà automaticamente "replicato" (di qui il termine "echo") e trasmesso a tutti i sistemi connessi a tale conferenza.

Lo scopo di EchoMail è quindi quello di rendere possibile delle "conferenze" su argomenti specifici ad ampia partecipazione, che coinvolgono più BBS. Le conferenze non rappresentano un servizio "professionale" ma più semplicemente, nell'ottica generale di rete Fidonet, un mezzo di scambio di esperienze e opinioni, esteso a più realtà geografiche.Nonostante l'EchoMail sia complesso dal punto di vista del sysop, è molto semplice per l'utente. L'utente immette semplicemente un messaggio: non c'è bisogno di conoscere nulla su indirizzi, Net, Node, ecc. In poco tempo (generalmente il giorno successivo) il messaggio sarà presente in tutti gli altri nodi. Altri utenti possono quindi leggere e rispondere al messaggio, e tali risposte iungeranno, sempre in maniera automatica, sulla vostra BBS.

Partendo dal presupposto che non tutti i BBS possano -o vogliano - ricevere tutte le aree di interesse, ha senso parlare di "diffusione" di un'area, intendendo con questo l'estensione geografica dell'area. Ad esempio è chiaro che una conferenza nella quale si parla di Roma avrà una diffusione limitata a Roma ed ai dintorni.

Una conferenza "echo" può essere quindi a livello internazionale, nazionale, di Net o di Hub, ma è chiaro che la mole di messaggi di aree echo internazionali (e spesso anche per quelle nazionali) è talmente elevata che renderebbe la conferenza eccessivamente "intasata": è intuibile che gli utenti se trovassero in ogni area un centinaio di nuovi messaggi al giorno inevitabilmente leggerebbero solo quelli più recenti vanificando così l'utilità di un'"echo" a vasta scala (oltre ai soldi spesi dal sysop per i trasferimenti...).

La soluzione ideale consisterebbe in una "selezione" dei messaggi più interessanti da un'area echo nazionale, ma è chiaro che tale selezione può essere effettuata solo da un volonteroso dotato di un bel po' di tempo libero... Inoltre tenendo ben presente che ogni messaggio inserito genera MOLTE chiamate telefoniche, quasi tutte interurbane, il loro utilizzo da parte degli utenti di un nodo deve necessariamente essere razionale e pertinente: è questo il motivo per cui molto spesso agli utenti prima di poter iniziare ad inviare messaggi in aree echo viene richiesta la lettura, comprensione ed accettazione delle regole stabilite per le areeecho (chiamate "Policy"). Oltre alla Policy generale delle aree echo (chiamata EchoPolicy) esiste poi una "Policy d'area" creata dal moderatore la quale AGGIUNGE ulteriori restrizioni alla Policy echo, generalmente per definire conprecisione l'argomento dell'area. La Policy generale dell'EchoMail generalmente è presente in tutte le BBS Fidonet con il nome ECHPOL33.* (l'estensione varia a seconda della versione e del tipo di compressione utilizzato), e si consiglia a tutti di prelevarla e di leggerla.

La cosiddetta "area Matrix" è un'area destinata ad accogliere messaggi PRIVATI destinati ad utenti di un altro nodo (in teoria anche negli USA...). L'autore originale di Fido, Tom Jennings, costruì nella sua BBS un semplice sistema automatico di messaggi per scambiare informazioni riguardanti proprio lo sviluppo del suo programma BBS, con un suo amico a Baltimora. Questo sistema di messaggistica privata crebbe fino a raggiungere proporzioni notevoli, ma il vero "boom" del FidoNet ci fu con l'introduzione delle aree "echo" di messaggi pubblici.

Spesso i sysop non rendono disponibile l'area Matrix per i propri utenti "interattivi" poiché il costo del trasferimento dei messaggi è a loro carico, ma a volte su richiesta è possibile concederne l'uso ad alcuni utenti. Viceversa la matrix viene utilizzata liberamente dai Point.